中国科学院微生物研究所成立于1958年12月3日。六十余年来，研究所始终坚守创新科技、服务国家、造福人民的初心使命，见证了我国微生物学从起步到跻身世界先进行列的全过程，也积淀了严谨求实、团结协作、拼搏创新、勇攀高峰的优良传统，如今已发展成为微生物领域综合科研实力雄厚、学术影响力突出的重要研究机构。截至2025年底，微生物所共有在职职工429人，其中科技人员254人，科技支撑人员125人，正高级岗位人员93人，副高级岗位人员159人。

研究所是1981年国务院学位委员会批准的博士学位授予权单位之一，现设有生物学、基础医学和药学三个一级学科，包括微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学、生物信息学、病原生物学、免疫学、微生物与生化药学等七个二级学科专业博士、硕士学位研究生培养点；设有生物与医药专业博士、硕士学位研究生培养点。微生物所博士后科研流动站于1988年设立，设有生物学和基础医学一级学科下微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学、病原生物学和免疫学五个二级学科专业博士后流动站。现有博士后160余人，课题涉及微生物所各个领域。

研究所聚焦抢占科技制高点核心任务，针对具有战略意义的微生物类群，围绕微生物多样性与资源深度挖掘、关键病原感染防控等重要领域，微生物研究所致力于开展前瞻性、战略性的基础研究和关键技术研究，努力促进微生物新生命现象发现、基础理论和关键技术突破，带动新兴产业发展,为实现高水平科技自立自强做出重要贡献。 

研究所内设科研部门包括微生物资源与生物技术研究室、真菌学与创新技术研究室、农业微生物组学与生物技术研究室、微生物生理与代谢工程研究室、病原微生物与免疫学研究室和微生物组与微生态技术研究室。2025年，微生物多样性与资源创新利用全国重点实验室获批。

微生物所拥有菌种资源保藏量达8万余株的中国普通微生物菌种保藏管理中心（CGMCC），菌物标本收藏量达57.6万份的菌物标本馆，国家微生物科学数据中心(NMDC)和世界微生物数据中心（WDCM），为科学研究、技术进步和社会发展提供高质量的科技资源共享服务。研究所统筹管理大型仪器设备，纳入开放共享网的设备总计167台套，面向所内外100余家单位提供科技支撑。研究所建有生物安全与动物实验平台，提供高等级生物安全研究设施、安全保障和实验动物相关技术服务。

目前挂靠微生物所的学术组织有中国微生物学会、中国菌物学会、中国生物工程学会3个国家级学会，微生物所与相关学会共同主办的学术刊物有《微生物学报》《微生物学通报》《菌物学报》《生物工程学报》，研究所主办mLife、hLife、Mycology等英文刊物，国际影响力持续提升。

研究所将传承六十余年的深厚积淀与创新基因，持续深化科研组织模式改革，完善人才全链条建设，强化平台协同效能，提升管理服务精细化水平，弘扬科学家精神与创新文化，全力打造国际一流的微生物学研究机构，为加快实现高水平科技自立自强、建设科技强国作出新的更大贡献。

研究所高度重视包括博士后在内的各类人才工作，为优秀人才提供良好的发展平台和条件保障。中国科学院微生物研究所出站的优秀博士后可以优先留所工作，并提供具有竞争力的薪酬待遇和发展空间。全职博士后即为特别研究助理，出站后通过公开招聘程序留所工作，择优进入事业编制。博士后出站达到副高级专业技术职务的，优先推荐留所工作。在站期间获博新计划、国际交流计划引进项目、中国科学院特别研究助理资助项目等优秀博士后人员，出站时优先推荐申报中国科学院高层次引进人才计划，中国科学院微生物研究所优先聘用。获资助后享受相应待遇。若通过计划择优评选，可申请青年研究组长或研究组长岗位。

为响应国家创新驱动发展战略，促进研究所博士后科研流动站的建设与发展，吸引和凝聚优秀人才，根据学科建设和科研需要，现面向海内外公开招收博士后研究人员，热忱欢迎有志于谋求发展、共创事业的优秀青年人才加盟！