我所是国务院批准的首批具有博士、硕士授予权的科研单位，自1978年恢复研究生招生制度至今，共培养研究生近千名。最近几年来，硕士及博士招生中多项指标均名列全院前十名以内。逐步确立了从招生、培养、学位授予、就业等“全生命周期”管理的理念。研究生教育在研究所工作中的权重逐年增加，受到历任所领导的重视。目前我所设有微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学三个二级学科，并设有博士后流动站；新增生物工程专业学位硕士培养点。
12月8日，广西大学校长、党委副书记肖建庄一行四人来访微生物研究所。双方围绕学科共建、科研协同、人才联合培养等议题展开座谈。
微生物组与微生态技术研究室（以下简称“微生态室”）成立于2023年，是中国科学院微生物研究所面向国家重大需求和人民生命健康，重点布局的前沿交叉学科研究机构。微生态室以“解析微生物组功能、突破微生态医学瓶颈”为使命，聚焦人体微生态与重大疾病防控，围绕微生物组结构功能解析、宿主互作机制及临床转化研究开展系统性攻关，致力于推动微生态医学技术创新与产业化应用，为健康中国建设提供科技支撑。
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