黏膜免疫与黏膜疾病调控，重点关注：在生理和病理情况下肠道菌群与肠道淋巴细胞的互作调控机制；呼吸道病原感染诱导的呼吸道黏膜免疫系统抗感染机制。

 以微生物和真核细胞为研究对象，设计构建基因组规模代谢网络模型，并在其指导下利用系统生物学和合成生物学的方法，研究氨基酸、核苷酸及其衍生物的生物合成和代谢调控机制，阐明氨基酸、核苷酸代谢与肿瘤发生及代谢性疾病的相关性。解析重要生命活动和代谢过程中关键酶的晶体结构，指导蛋白质定向进化，改造酶分子特性。开发高效基因组编辑、新型调控元件、生物传感器等合成生物学技术，应用于重要生物基产品（氨基酸、核苷酸、维生素及有机胺等）和生物制剂（疫苗、抗体及生物大分子等）细胞工厂的构建及产业化。

 感染免疫表观遗传调控的分子机制研究，聚焦病原蛋白与宿主表观遗传因子相互调节的结构机理和化学干预研究。

1、流感病毒复制的分子机制及抗病毒天然免疫的调控机理

2、乙型肝炎病毒调控细胞周期/细胞凋亡及肝癌发生发展的机理

1. T细胞分化为不同辅助性T细胞的转录调控机制；2. 病毒感染与免疫；3. 肠道菌群与肠炎发生机制研究。

1.基于CRISPR的病原受体筛选及入侵机制研究；2.病毒入侵阻断及抗病毒免疫研究

 调节性T细胞（Treg）的抑制机理及其免疫调控机制研究，探索选择性干预Treg细胞和其他效应性T细胞，进行肿瘤、感染性和自身免疫性疾病的治疗。

 本课题团组以重要病原微生物、人体肠道微生物菌群等为研究对象，利用基因组学、元基因组学及生物信息学等研究手段，开展细菌耐药性的进化与传播、人体肠道微生物菌群与人体健康之间的关系等研究。