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标识及其释义
1、微生物所所徽整体以方圆结构为造型，外圆与中国科学院院徽外形相同，突出微生物所隶属于中国科学院；
2、六边形代表微生物所属于中国科学院六个学部之一的生物学部；
3、该标识以DNA双螺旋加底座，巧妙构成显微镜的图案，体现微生物所的基本学科特点，强调微生物学研究已进入分子水平；
4、“1958”示意微生物所的成立时间；
5、“C·A·S”为中国科学院的英文缩写；
6、深蓝色代表高科技，也象征微生物所在生物科技领域勇于攀登、开拓前进的完整理念，体现微生物所探索永无止境，不断发展超越的精神。
