研究主要以环境微生物铜绿假单胞菌为模式菌，用分子生物学技术来研究并探索生物被膜及其基质网形成的分子机理及其调控机制。研究旨在为有效防治或解决生物被膜带来的各种问题提供理论依据及可能的解决办法，并为环境治理中有效发挥生物被膜的功能奠定理论基础。现阶段具体的研究主要集中在以下几方面：1）细菌胞外多聚物质间如何互作并形成将单个的细菌包被成群体的基质网（EPS matrix）；2）细菌调控胞外多聚物质的分子机理；3）生物被膜中的细胞程序性死亡及其调控；4）细菌耐药机制

1.马旅雁，王世伟，张真印，杨霁舟，（2012）生物膜形成的机制， 《微生物生物膜与感染》周学东、施文元主编，人民卫生出版社， p1-34.

2. 马旅雁，李季伦*，（1998）固氮遗传学研究进展（综述），《农业生物工程》莽克强主编，陈受宜、李季伦、朱裕鼎副主编，化学工业出版社，p15-48.

1、 中国科学院国际合作局，国际伙伴计划，假单胞菌生物被膜及其在植物抗病方面的应用，2024.1.1-2026.12.31；

2、 国家自然科学基金重大研究计划集成项目，92351302，水圈微生物驱动碳氮硫元素循环的代谢新机制，2024.01-2024.12；

3、 国家自然科学基金重大研究计划重点支持项目，91951204，湿地固氮细菌驱动的碳氮固定及耦合机制，2020.01-2023.12；

4、 国家自然科学基金面上基金，31570126，细菌生物被膜形成新因子及相应机制和耐受策略的解析，2016/01-2019/12；

5、 国家重点基础研究发展计划“973”项目课题，2014CB846002，光电子在“光电能微生物”细胞及种群间传递的分子体系，2014/01-2018/12；

6、 国家自然科学基金面上基金，31270177，胞外蛋白在铜绿假单胞菌生物被膜中的作用，2013/01-2015/12；

7、 国家自然科学基金主任基金研究项目，31140041，铜绿假单胞菌氨肽酶对生物被膜发育与抗性的贡献，2012/01-2012/12；

8、 中科院重要方向项目，KSCXZ-YW-BR-5，细菌生物被膜形成的分子机理及控制，2010/05-2013/04；

9、 囊性纤维化基金会基金，MA06F0，2006/05-2009/04，The role of Psl polysaccharide in Pseudomonas aeruginosa biofilm development and pathogenesis。

10、 瑞典国际科学基金（International Foundation for Science），C/3208-1，2001/01-2003/12，The interacting protein with NifA in Azospirillum brasilense by using yeast two-hybrid system，108,730 Swedish Crowns (SEK)。