方荣祥研究员长期从事植物病毒学和植物生物技术的基础研究和应用基础研究。完成了花椰菜花叶病毒（新疆株）和水稻黄矮病毒基因组全序列分析，确定了植物弹病毒负责细胞间运动的蛋白。研制成同时抗烟草花叶病毒和黄瓜花叶病毒的转基因烟草，在种植时间和规模上曾居国际领先；同样的策略还用于抗病毒辣椒的研制。在植物生物技术的基础研究方面，分析和改造了花椰菜花叶病毒35S启动子，研究结果被广泛应用；阐明了利用人工小RNA抵抗植物病毒侵染的新策略。在国内外学术期刊上已发表论文180余篇，国际专利1项，国内专利授权14项。主编《植物与生物相互作用总论》（科学出版社，2003年）
近期主要研究方向：
1.植物病毒-媒介昆虫-植物寄主三者互作的分子机制；
2.以植物为生物反应器生产有用蛋白；

1. Fang, R.; Min Jou, W.; Huylebroeck, D.; Devos, R.; Fiers, W. Complete Structure of A/Duck/Ukraine/63 Influenza Hemagglutinin Gene: Animal Virus as Progenitor of Human H3 Hong Kong 1968 Influenza Hemagglutinin. Cell 1981, 25 (2), 315–323. https://doi.org/10.1016/0092-8674(81)90049-0.
2. 方荣祥; 吴晓军; 卜明; 田颖川; 蔡发兴; 莽克强. 花椰菜花叶病毒(新疆分离物)基因组DNA的全部核苷酸序列. 病毒学报 1985, 1 (03), 247–256.
3. Fang, R. X.; Nagy, F.; Sivasubramaniam, S.; Chua, N. H. Multiple Cis Regulatory Elements for Maximal Expression of the Cauliflower Mosaic Virus 35S Promoter in Transgenic Plants. The Plant cell 1989, 1 (1), 141–150. https://doi.org/10.1105/tpc.1.1.141.
4. 方荣祥; 田颖川; 王桂玲; 秦晓峰; 杨毛周; 李太元; 许丙寅; 莽克强; 张振臣; 吴青; 周汝鸿; 王凤龙; 赵钢; 韩晓东. 抗烟草和黄瓜花叶病毒的双价抗病毒工程烟草. 科学通报 1990, 35 (17), 1358–1359. https://doi.org/10.1360/csb1990-35-17-1358-x.
5. 方荣祥; 田颖川; 王桂玲; 许丙寅; 李太元; 莽克强; 张振臣; 吴青; 周汝鸿; 王凤龙; 史万华; 韩晓东. 双抗转基因烟草纯合系的选育及田间试验. 中国科学(B辑) 1993, 23 (05), 481–488.
6. Fang, R. X.; Wang, Q.; Xu, B. Y.; Pang, Z.; Zhu, H. T.; Mang, K. Q.; Gao, D. M.; Qin, W. S.; Chua, N. H. Structure of the Nucleocapsid Protein Gene of Rice Yellow Stunt Rhabdovirus. Virology 1994, 204 (1), 367–375. https://doi.org/10.1006/viro.1994.1541.
7. Cai, W. Q.; Fang, R. X.; Shang, H. S.; Wang, X.; Zhang, F. L.; Li, Y. R.; Zhang, J. C.; Cheng, X. Y.; Wang, G. L.; Mang, K. Q. Development of CMV-and TMV-Resistant Chili Pepper: Field Perfermance and Biosafety Assessment. Molecular Breeding 2003, 11 (1), 25–35. https://doi.org/10.1023/A:1022655204552.
8. Huang, Y.; Zhao, H.; Luo, Z.; Chen, X.; Fang, R. X. Novel Structure of the Genome of Rice Yellow Stunt Virus: Identification of the Gene 6-Encoded Virion Protein. J Gen Virol 2003, 84 (Pt 8), 2259–2264.
9. Jia, H. G.; Pang, Y. Q.; Fang, R. X. Agroinoculation as a Simple Way to Deliver a Tobacco Mosaic Virus-Based Expression Vector. Acta Botanica Sinica 2003, 45 (07), 770–773.
10. Liu, Z. Z.; Wang, J. L.; Huang, X.; Xu, W. H.; Liu, Z. M.; Fang, R. X. The Promoter of a Rice Glycine-Rich Protein Gene, Osgrp-2, Confers Vascular-Specific Expression in Transgenic Plants. Planta 2003, 216 (5), 824–833. https://doi.org/10.1007/s00425-002-0934-y.
11. Huang, Y. W.; Geng, Y. F.; Ying, X. B.; Chen, X. Y.; Fang, R. X. Identification of a Movement Protein of Rice Yellow Stunt Rhabdovirus. J Virol 2005, 79 (4), 2108–2114. https://doi.org/10.1128/jvi.79.4.2108-2114.2005.
12. Li, Y.; Wang, L.; Li, S.; Chen, X.; Shen, Y.; Zhang, Z.; He, H.; Xu, W.; Shu, Y.; Liang, G.; Fang, R.; Hao, X. Seco-Pregnane Steroids Target the Subgenomic RNA of Alphavirus-like RNA Viruses. Proc Natl Acad Sci U S A 2007, 104 (19), 8083–8088. https://doi.org/10.1073/pnas.0702398104.
13. Qu, J.; Ye, J.; Fang, R. Artificial microRNA-Mediated Virus Resistance in Plants. J Virol 2007, 81 (12), 6690–6699. https://doi.org/10.1128/jvi.02457-06.
14. Zhang, L.; Jia, Y.; Wang, L.; Fang, R. A Proline Iminopeptidase Gene Upregulated in Planta by a LuxR Homologue Is Essential for Pathogenicity of Xanthomonas Campestris Pv. Campestris. Mol Microbiol 2007, 65 (1), 121–136. https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2007.05775.x.
15. Wang, L.; Zhang, L.; Geng, Y.; Xi, W.; Fang, R.; Jia, Y. XerR, a Negative Regulator of XccR in Xanthomonas Campestris Pv. Campestris, Relieves Its Repressor Function in Planta. Cell Res 2011, 21 (7), 1131–1142. https://doi.org/10.1038/cr.2011.64.
16. Hamera, S.; Song, X.; Su, L.; Chen, X.; Fang, R. Cucumber Mosaic Virus Suppressor 2b Binds to AGO4-Related Small RNAs and Impairs AGO4 Activities. Plant J 2012, 69 (1), 104–115. https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2011.04774.x.
17. Guo, H.; Song, X.; Xie, C.; Huo, Y.; Zhang, F.; Chen, X.; Geng, Y.; Fang, R. Rice Yellow Stunt Rhabdovirus Protein 6 Suppresses Systemic RNA Silencing by Blocking RDR6-Mediated Secondary siRNA Synthesis. Mol Plant Microbe Interact 2013, 26 (8), 927–936. https://doi.org/10.1094/mpmi-02-13-0040-r.
18. Zhang, Y.; Zhang, G.; Xiao, N.; Wang, L.; Fu, Y.; Sun, Z.; Fang, R.; Chen, X. The Rice “nutrition Response and Root Growth” (NRR) Gene Regulates Heading Date. Mol Plant 2013, 6 (2), 585–588. https://doi.org/10.1093/mp/sss157.
19. Huo, Y.; Liu, W.; Zhang, F.; Chen, X.; Li, L.; Liu, Q.; Zhou, Y.; Wei, T.; Fang, R.; Wang, X. Transovarial Transmission of a Plant Virus Is Mediated by Vitellogenin of Its Insect Vector. PLoS Pathog 2014, 10 (3), e1003949. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1003949.
20. Zhang, G.; Song, X.; Guo, H.; Wu, Y.; Chen, X.; Fang, R. A Small G Protein as a Novel Component of the Rice Brassinosteroid Signal Transduction. Mol Plant 2016, 9 (9), 1260–1271. https://doi.org/10.1016/j.molp.2016.06.010.
21. Xie, C. M.; Zhang, G.; An, L.; Chen, X. Y.; Fang, R. X. Phytochrome-Interacting Factor-like Protein OsPIL15 Integrates Light and Gravitropism to Regulate Tiller Angle in Rice. Planta 2019, 250 (1), 105–114. https://doi.org/10.1007/s00425-019-03149-8.
22. Huang, W.; Zhang, Y.; Xiao, N.; Zhao, W.; Shi, Y.; Fang, R. Trans ‐complementation of the Viral Movement Protein Mediates Efficient Expression of Large Target Genes via a Tobacco Mosaic Virus Vector. Plant Biotechnology Journal 2024, 22 (11), 2957–2970. https://doi.org/10.1111/pbi.14418.

现指导研究生和博士后
类别 姓名 性别 入学年份
博士生 王莹莹 女 2022
博士生 赵  耀 男 2023
博士后 陈丽莹 女 2022
博士后 黄卫阔 男 22025
已指导研究生
类别 姓名 导师 毕业年份
硕士 袁左伟 方荣祥 1993 博士 周雪荣 方荣祥 1993
硕士 王　群 方荣祥 1994 博士 彭仁旺 方荣祥 1996
硕士 王建龙 方荣祥 1994 博士 罗宗礼 方荣祥 1998
硕士 王成球 方荣祥 1993 博士 雷万里 方荣祥 1999
硕士 祝海涛 方荣祥 1995 博士 腊　平 方荣祥 1999
硕士 郑秀文 方荣祥 1995 博士 蔡传奇 方荣祥 2001
硕士 黄　勋 方荣祥 1997 博士 刘宗旨 方荣祥 2002
硕士 荣　欣 方荣祥 1999 博士 米凯霞 方荣祥 2002
硕士 郭婷夏 方荣祥 2001 博士 贾洪革 方荣祥 2003
硕士 高　尚 陈晓英 2006 博士 孙其红 方荣祥 2004
硕士 杨　鹍 陈晓英 2007 博士 黄彦威 方荣祥 2005
硕士 赵志强 陈晓英 2008 博士 张莉莉 方荣祥 2007
硕士 章俊丽 陈晓英 2009 博士 叶　健 方荣祥 2007
硕士 李　沫 方荣祥 2010 博士 曲　静 方荣祥 2007
硕士 张静玺 贾燕涛 2012 博士 苏　鸓 方荣祥 2008
硕士 郭　萍 贾燕涛 2014 博士 耿云峰 方荣祥 2008
硕士 李云娜 方荣祥 2021 博士 杨艳梅 方荣祥 2010
硕士 张　璇 方荣祥 2021
博士 Sadia Hamera 方荣祥 2011
博士 郭红艳 方荣祥 2014
博士 宋晓光 方荣祥 2014
博士 霍　岩 方荣祥 2015
博士 张富杰 方荣祥 2016
博士 阚金红 方荣祥 2016
博士 张　歌 陈晓英 2017
博士 谢传淼 方荣祥 2018
博士 王华彩 方荣祥 2019
博士 于原玲 方荣祥 2020
博士 安　琳 方荣祥 2020
博士 孔晓雨 方荣祥 2021
博士 王海婷 方荣祥 2021
博士 赵　璟 方荣祥 2022
博士 宋丽阳 方荣祥 2022
博士 刘雅雯 方荣祥 2023
博士 刘　青 方荣祥 2023
博士 黄卫阔 方荣祥 2025
博士 张天昊 方荣祥 2025
已指导博士后
博士后 张国华 方荣祥 1995 博士 王　莉 方荣祥 2010
博士后 韩　暢 方荣祥 1996 博士 颜永胜 方荣祥 2010
博士后 郑志峰 方荣祥 1999 博士 梁　宏 方荣祥 2011
博士后 焦晓明 方荣祥 2019 博士
博士后 谢传淼 方荣祥 2023
已毕业或离组联培生和客座人员
陈万利、程宁辉、董家红、冯盼盼、冯治洋、郭志江、贺天柱、候世瑞、纪超群、贾倩倩、孔令洁、李艳梅、连莉娟、林世娜、刘云峰、刘兆明、卢爱兰、吕玲飞、吕玉平、石少川、宋爽、王芳、王丽娜、王新国、徐卫辉、熊智颖、薛远、杨红华、于翠梅、于静、张剑锋、张子玉、赵珩、郑玉梅、周阗琨、朱新慧、朱雅楠、于蕊、胡子祎

方荣祥研究员牵头承担过国家自然科学基金面上项目、重大集成项目、重点项目和专项项目各1项，国家转基因生物新品种培育重大专项1项，三峡后续工作科研项目1项，中国科学院学部咨询评议项目4项。