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1. 国家重点研发计划，国家生物安全大数据支撑关键技术研究及体系建设，2022.11-2025.10,  1573.50万元，主持
2. 科技部科技基础资源调查专项，生物学重要基础数据资源整理及数据库构建，2020.01-2022.12,  1284万元，主持
3. 国家重点研发计划，特殊功能元件的挖掘与机理解析，2021.12-2026.11,  80万元，任务负责人
4. 国家重点研发计划，精准医学大数据处理和利用的标准化技术体系建设，2016.08-2020.08，2016年度经费100万元，参加
5. 中国科学院先导专项(A类)子课题，水稻粒型分子模块系统解析，2013/10-2018/12，600万元，课题骨干
6. 国家自然科学基金面上项目，基于小鼠多组织和细胞链特异性RNA-seq数据的Antisense RNA分析及数据库构建，2013/01-2016/12，95万元，主持
7. 国家自然科学基金-广东联合基金重点项目，广东潮汕食管癌发病风险预测的分子基础研究，2012/01-2015/12，258万元，参加
8. 科技部973项目子课题，基于第二代测序技术及比较转录组学的人参皂苷合成途径及调控网络研究，2012/01-2016/08，191万元，主持
9. 中科院重要方向项目，第二代高通量转录组测序数据的非编码RNA鉴定与分析方法的研究，2011/01-2013/12，140万元，主持
10. 国家自然科学基金青年项目，水稻中细胞器到细胞核以及细胞器间的DNA序列迁移及其在基因组进化，细胞器起源和进化中的研究，2007/02-2009/12，22万元，参加
11. 科技部973计划子课题，转录组纵深信息挖掘，2006/11-2010/08，329万元，主持
12. 国家自然科学基金面上项目，常染色体显性先天性静止性夜盲症致病基因的筛查与致病机理研究，2005/01-2007/12，18万元，主持
13. 国家自然科学基金面上项目，动植物基因组中可变剪接形式的比较分析，2003/01-2006/12，30万元，主持
14. 中科院重大项目，家蚕基因组框架图和家鸡基因组多态性图谱的绘制，2003/07-2005/06，3500万元，参加
15. 国家自然科学基金创新群体项目，人类基因组的研究策略和应用，2003/01-2005/12，720万元，参加
16. 科技部“863”计划国际合作项目，家猪基因组计划，2002/01-2004/12，80万元，参加
17. 科技部863计划，水稻基因组精细图的绘制，2002/01-2003/12，1500万元，参加
18. 科技部863计划，超级杂交水稻（籼稻）基因组测序，2001/01-2002/12，1500万元，参加
19. 北京市科委，大规模基因组测序技术平台的建立与优化，2000/10-2001/10，100万元，主持
20. 中科院重大项目，1%人类基因组和中国重要战略资源生物基因组计划，2000/06-2001/12，2500万元，参加
21. 国家自然基金重大项目，1%人类基因组计划“完成图”的绘制，2000/06-2001/06，500万元，参加