聚焦于病原细菌（特别是结核分枝杆菌）的免疫逃逸与致病机制研究，整合空间组学、病原 - 宿主互作组学等前沿技术，解析感染微环境中系统性调控因素与共生菌群等重塑区域免疫稳态并决定感染结局的分子机理，旨在为慢性感染及其共病机制提供全新的认知视角，并为相关疾病的临床防治提供新靶点与新策略。

代表性论文（*共同通讯作者；#并列第一作者）：
1. Chai Q#, Yu S#, Zhong Y#, Lu Z, Qiu C, Yu Y, Zhang X, Zhang Y, Lei Z, Qiang L, Li B-X, Pang Y, Qiu X-B*, Wang J*, Liu CH*. A bacterial phospholipid phosphatase inhibits host pyroptosis by hijacking ubiquitin. Science, 2022, 378(6616): eabq0132.
2.  Yu S#, Chai Q#,*, Lu Z#, Qiu C, Zhong Y, Wang Y, Lei Z, Qiang L, Fang Y, Zhang X, Li B, Gao M, Zhang L, Cheng G, Wang J, Liu CH*, Pang Y*. A CLOCK-targeting lncRNA induces trained immunity against tuberculosis. Cell Host & Microbe, 2026, 34, 1-18.
3. Chai Q, Wang X, Qiang L, Zhang Y, Ge P, Lu Z, Zhong Y, Li B, Wang J, Zhang L, Zhou D, Li W, Dong W, Pang Y, Gao GF, Liu CH*. A Mycobacterium tuberculosis surface protein recruits ubiquitin to trigger host xenophagy. Nature Communications, 2019, 10(1): 1973.
4.  Wang J#, Chai Q#, Lei Z#, Wang Y#, He J#, Ge P, Lu Z, Qiang L, Zhao D, Yu S, Qiu C, Zhong Y, Li B-X, Zhang L, Pang Y*, Gao GF*, Liu CH*. LILRB1-HLA-G axis defines a checkpoint driving natural killer cell exhaustion in tuberculosis. EMBO Molecular Medicine, 2024, 16(8): 1755-1790.
5.  Lu Z, Zhang Y, Zhong Y, Qiang L, Ge P, Lei Z, Zhao M, Fang Y, Li B, Wang J, Chai Q*, Liu CH*. A bacterial effector manipulates host lysosomal protease activity–dependent plasticity in cell death modalities to facilitate infection. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2025, 122(8): e2406715122.
6. Yu Y#, Yu S#, Lu Z, Qiang L, Zhong Y, Ge P, Lei Z, Qiu C, Fang Y, Zhang X, Li B, Pang Y, Wang J, Zhang L*, Liu CH*, Chai Q*. Pathogenic phosphorylation of linear ubiquitin machinery causes inflammasome sensor degradation. Cell Reports, 2025, 44(9): 116286.
7. Chai Q#, Lu Z#, Liu Z#, Zhong Y, Zhang F, Qiu C, Li B, Wang J, Zhang L, Pang Y*, Liu CH*. Lung gene expression signatures suggest pathogenic links and molecular markers for pulmonary tuberculosis, adenocarcinoma and sarcoidosis. Communications Biology, 2020, 3(1): 604.
8. Zhang F#, Yu S#, Chai Q#, Wang J#, Wu T, Liu R, Liu Y, Liu CH*, Pang Y*. HDAC6 contributes to human resistance against Mycobacterium tuberculosis infection via mediating innate immune responses. The FASEB Journal, 2021, 35(11): e22009.
9. Chai Q*, Lei Z, Liu CH*. Pyroptosis modulation by bacterial effector proteins. Seminars in Immunology, 2023, 69: 101804.
10. Fang Y#, Lei Z#, Zhang L*, Liu CH* and Chai Q*. Regulatory functions and mechanisms of human microbiota in infectious diseases. hLife, 2024, 2(10): 496-513.

1、博士后创新人才支持计划，结核分枝杆菌通过宿主泛素耦合酶 LAUBE2 调控溶酶体自噬的机制研究，2021-2023，主持。
2、中国科学院特别研究助理资助项目，2021-2023，主持。
3、中国博士后科学基金，结核分枝杆菌蛋白 UBP2 挟持宿主线性泛素化复合物进而调控炎症小体激活的机制研究，2021-2023，主持。
4、国家自然科学基金面上项目，结核分枝杆菌蛋白UBP3利用宿主泛素系统调控炎症小体信号通路的机制研究，2022/01-2025/12，主持。
5、国家重点研发计划，重要感染中病原-共生微生物-宿主互作和干预，“感染中病原、共生微生物和宿主互作网络”课题，2022.12-2025.11，课题骨干。
6、国家“万人计划”青年拔尖人才，2023.11-2026.11，主持。
7、国家自然科学基金面上项目，结核分枝杆菌ESX-1分泌系统孔道蛋白EspC的宿主免疫调控机制及抗体阻断干预研究，2025/01-2028/12，主持。
8、国家重点研发计划“生物大分子与微生物组”重点专项，抑郁障碍的“肠-脑”整合机制研究，“基于关键菌群和神经免疫系统互作的新靶点发现及干预”课题，2024/12-2029/11，课题负责人。