1. 比较基因组分析多粘菌素耐药基因mcr-1，对mcr-1基因在目前所有已知的31000多个细菌基因组、4500多个元基因组、980万个人类肠道微生物基因中的分布和序列的差异进行了比较基因组分析。比较基因组分析发现，不仅携带mcr-1基因的质粒可以在细菌间进行转移， mcr-1基因本身连同其上游序列可以单独被其它可移动遗传元件所捕获并进行传播。

2. 病原细菌可移动遗传原件在肠道微生态环境中的进化分析研究，建立了3万个细菌基因组、980万个人体肠道微生物基因的本地化数据库；完成了500余份肠道样品中ISCR1和intl元件携带状况分析，揭示了不同种属菌株I型整合子和ISCR1复合型 I 型整合子的类型及与耐药表型特征的关系等等。

代表性论文

　　1.Hu Yongfei, Yang Xi, Qin Junjie, Lu Na, Cheng Gong, Wu Na, Pan Yuanlong, Li Jing, Zhu Liying, Wang Xin, Meng Zhiqi, Zhao Fangqing, Liu Di, Ma Juncai, Qin Nan, Xiang Chunsheng, Xiao Yonghong, Li Lanjuan, Yang Huanming, Wang Jian, Yang Ruifu, George F. Gao, Wang Jun, Zhu Baoli*. (2013)Metagenome-wide analysis of antibiotic resistance genes in a large cohort of human gut microbiota.Nature Communications. 4: 2151. DOI: 10.1038/ncomms3151.（IF 10.02） 

　　2.Hu Yongfei , Liu Fei , Lin Ivan Y. C. , Gao George F. , and Zhu Baoli*. (2016)Dissemination of the mcr-1 colistin resistance gene, Lancet Infect. Dis.16, 146-147.(IF 19.297) 

　　3.Guoliang Li, Jing Li, Kevin D. Kohl, Baofa Yin, Wanhong Wei, Xinrong Wan, Baoli Zhu, Zhibin Zhang. (2018) Dietary shifts influenced by livestock grazing shape the gut microbiota composition and co-occurrence networks in a local rodent species, Journal of Animal Ecology. 1-13.(IF 4.459) 

　　4.Song Xiaofeng, Zhong Liang, Lyu Na, Liu Fei, Li Boxing, Hao Yanan, Xue Yong, Li Jing, Feng Yuqing, Ma Yue, Hu Yongfei*, Zhu Baoli*.2019 Inulin can alleviate metabolism disorders in ob/ob mice by partially restoring leptin-related pathways mediated by gut microbiota[J]. Genomics, proteomics & bioinformatics,, 17(1): 64-75.（IF=6.615） 

　　5.Yanan Wanga,b,c,1, Yongfei Hud,b,1, Jian Cao b,e, Yuhai Bi b, Na Lv b, Fei Liub, Shihao Liang b, Yi Shi b,e, Xinan Jiaoa,f,？, George Fu Gao b,e,**, Baoli Zhub,e,g,h,i,***.2019 Antibiotic resistance gene reservoir in live poultry markets.Journal of Infection.78.445-453(IF=5.099)

 代表性图片

结核病人与健康人肠道菌群物种与可移动元件分析

 申请专利（代表） 

　　1. 用于防治细菌性阴道病的詹氏乳杆菌，ZL201210347715.5

　　2. 一株詹氏乳杆菌及其应用，ZL201410535541.4

　　3. 一株弯曲乳杆菌及其应用，ZL201410446067.8

　　4. 一种检测结核分枝杆菌复合群的引物对及其应用，201410111291.1

　　5. 一种检测结核分枝杆菌方法及其专用引物，201110130415.7

　　6. 用于检测人乳头瘤病毒的试剂，201010517520.1

 参编专著 

　　1.《医学微生态学》；朱宝利（参与编著）；人民卫生出版社（2014） 

　　2.《细菌耐药危机下的挑战与对策-专家视角》；朱宝利（参与编著）；人民卫生出版社（2019） 

　　3.《生态基因组学》；朱宝利、张瑞芬（参与编著）；科学出版社（2019)

 工作人员 

　　张瑞芬 博士 助理研究员（2007-今） 

　　律 娜 博士 助理研究员（2008-今） 

　　刘 飞 硕士 助理研究员（2011-今） 

　　李 晶 硕士 工程师（2012-今） 

　　熊 倩 博士 助理研究员（2017-今） 

　聘用人员 

　　李博星 硕士 研究实习员（2017-今） 

　　罗 娜 硕士 研究实习员（2018-今） 

　　窦翠婷 学士 科研助理/研究实习员（2018-今） 

　在读研究生 

　　郭亚琼 直博生（2017-今） 

　　曹德民 博士生（2018-今） 

　　李 铮 博士生（2019-今） 

　　宫鹏云 硕士生（2017-今） 

　　方 圆 硕士生（2018-今） 

　　李志远 硕士生（2018-今） 

　　毛梦雨 硕士生（安徽大学-中国科学院微生物研究所联合培养，2018-今） 

　　范馨月 硕士生（2019-今） 

　已毕业学生 

　　雷芳（硕博连读）、胡永飞（博士生）、尹业师（博士生）、李惠（硕博连读）、 

　　徐士庆（硕士生）、段嘉（硕士生）、潘元龙（硕博连读）、程功（博士生）、 

　　蔡玉品（硕士生）、武娜（硕博连读）、王志明（硕士生）、杨犀（硕博连读）、 

　　栾春光（博士生）、朱玉莹（硕士生）、马俊平（硕士生）、封雨晴（博士生）、 

　　马越（硕士生）、宋晓峰（博士生）、陈茜（硕士生）