本研究组主持完成及在研的主要科研项目： 

　　1．国家自然科学基金面上项目“极端嗜盐嗜碱古菌遗传操作系统的构建”  （2003-2005) 

　　2．国家“863”项目“海洋嗜盐古菌基因克隆表达系统的构建” (2002-2005) 

　　3．中科院重要方向项目子课题“高温细菌遗传相关蛋白互作组及功能基因研究”(2002-2005) 

　　4．国家自然科学基金面上项目 “极端嗜盐古菌蛋白类抗生素C8生物合成及作用机制”(2006-2008) 

　　5．国家“973”项目子课题“极端嗜盐古菌遗传及环境适应机制的研究”(2004-2009) 

　　6．国家自然科学基金面上项目“极端嗜盐古菌染色体外因子复制机制的研究” (2007-2009) 

　　7．国家863项目“海洋嗜盐古菌功能物质利用的遗传工程技术”(2006-2012) 

　　8．国家自然科学基金重点项目“嗜盐古菌聚羟基脂肪酸酯生理代谢及调控机制” (2009-2012) 

　　9.  国家杰出青年科学基金 “极端嗜盐古菌遗传与生理代谢研究” (2010-2013) 

　　10．中国科学院重要方向项目子课题“嗜盐菌PHA合成关键基础与技术研究” (2011-2013) 

　　11．国家自然科学基金青年项目“极端嗜盐古菌乙酰CoA羧化酶在PHBV合成过程中的作用”( 2011-2013) 

　　12．国家自然科学基金青年项目“极端嗜盐古菌多复制起始位点的利用机制”（2012-2014） 

　　13．国家自然科学基金面上项目“嗜盐古菌CRISPR/Cas系统与基因组稳定性机制” （2013-2016） 

　　14.  国家重点实验室重要方向项目“极端古菌遗传基础及重要生理机制研究”（2013-2015） 

　　15.  国家自然科学基金青年项目“极端嗜盐古菌盐胁迫相关非编码RNA的鉴定和调控机制研究” （2014-2016) 

　　16.  国家自然科学基金面上项目“单体可控的新型短链PHA的古菌合成及材料性能分析”（2014-2017) 

　　17.  国家自然科学基金重点项目“极端嗜盐古菌固碳贮碳及其代谢新途径研究”(2014-2018) 

　　18.  国家自然科学基金面上项目“I-B型CRISPR-Cas系统引发适应的分子机制”（2016-2019） 

　　19.  国家自然科学基金重大研究计划“碳酸盐型盐湖氮硫元素循环的微生物驱动机制及适应机制”（2018-2021）   

　　20.  国家自然科学基金面上项目“CRISPR-Cas与一种新型毒素-抗毒素系统的偶联机制研究“（2018-2021）  

　　21.  中科院战略先导专项A  “新型基因组编辑工具及高通量编辑技术” （2019-2024） 

　　22.  国家重点研发计划“ 极端微生物底盘细胞设计与构建” （2020-2025） 

23.  国家重点研发计划合成生物学重点专项项目“嗜盐微生物合成生技术的开发与优化” （2019-2024）

24.  国家重点研发计划合成生物学重点专项课题“极端微生物底盘细胞设计与构建” （2020-2025） 

25.  国家自然科学基金面上项目“嗜盐古菌乙酸合成和激活及其乙酰化调控机制”（2020-2023）

26.  国家自然科学基金青年项目“嗜盐纳米古菌碳代谢和微生物间互作机制的研究”（2021-2023）

27.  国家自然科学基金面上项目“嗜盐古菌非编码RNA介导的PHA级联调控机制研究”（2022-2025） 

28.  国家自然科学基金青年基金“新型及特色CRISPR-Cas系统的挖掘和应用”（2022-2024）

29.  国家自然科学基金重点项目“微生物新型防御系统挖掘解析与重构利用” (2023-2027)

30.  国家自然科学基金重大研究计划集成项目“水圈碳氮硫元素循环的功能微生物及其代谢途径和机制”（2023-2024）

31.  国家自然科学基金青年项目“极端嗜盐古菌染色体拷贝数调控机制的解析与应用”（2023-2025）

32.  国家自然科学基金面上项目“嗜盐菌Haloferax mediterranei合成新型水凝胶HaloGel的机制研究”（2025-2028）

33.  国家自然科学基金面上项目“硫化氢在光依赖的自养型嗜盐古菌中的生物学功能及其分子机制研究”（2025-2028）

34.  中国博士后科学基金面上项目“异养嗜盐微生物的电能自养改造”（2020-2022）

35.  中国博士后科学基金面上项目“新型核酸靶向系统发现与基因组编辑技术创新” （2020-2022）

36.  中国科学院中亚药物研发中心科研项目“中乌共建微生物资源与技术联合实验室”（2022-2023）

37.  中国科学院国际合作局海外科教合作中心部署项目“乌兹别克斯坦、塔吉克斯坦动物、微生物资源调查、监测及利用研究”（2024-2026）

38.  中国科学院战略先导专项B“生命大分子靶向元件与新型基因编辑技术”（2024-2029）