1. 欧盟第五框架计划项目“工业生物催化剂的多基因筛选技术” （2002-2004）

　　2. 国家“863”计划项目课题“碱性甘露聚糖酶的高表达技术与产业化开发” （2006-2010）

　　3. 国家“863”计划项目课题“极端环境微生物资源的开发利用” （2007-2010）

　　4. 国家“973”计划项目“生物炼制细胞工厂的科学基础” （2007-2011）

　　5. 国家自然科学基金创新群体项目“极端环境微生物生命特征及环境适应机理” （2007-2012）

　　6. 中国科学院知识创新工程重大项目“纤维素乙醇的高温发酵和生物炼制” （2008-2011）

　　7. 民口科技重大专项“嗜盐碱微生物抗盐碱基因的克隆与功能验证” （2009-2010）

　　8. 创新团队国际合作伙伴计划课题“新型木质纤维素降解酶系的发现、改造与应用” （2010-2012）

　　9. 中国科学院知识创新工程重要方向项目课题“微生物采油关键技术研究与开发” （2011-2013）

　　10. 中国科学院知识创新工程重要方向项目课题“新型高效麻类生物脱胶关键技术研究” （2011-2013）

　　11. 国家“973”计划重大科学问题导向项目“人工合成细胞工厂” （2011-2015）

　　12. 国家“863”计划项目子课题“制革用新型酶基因资源挖掘及分子改造” （2012-2015）

　　13. 国家“973”计划项目子课题“极端微生物抗逆元器件的认识与构建” （2012-2017）

　　14. 国家自然科学基金青年基金项目“新型低钙离子依赖碱性果胶酸裂解酶作用机制及其与碱适应性关系研究”（2014-2016）

　　15. 四川省科技支撑计划项目“窖泥微生物混合菌群结构分析及酿造微生物的分类鉴定”（2015-2016）

　　16. 国家自然科学基金青年基金项目“Nα-acetyl-α-lysine合成关键酶及其特异性催化机制的研究”（2019-2021）

　　17. 国家自然科学基金面上项目“嗜碱芽孢杆菌铁硫蛋白IspH非特异性酶活力催化机制及其异戊二烯合成研究”（2019-2022）

　　18. 国家重点研发计划项目子课题“嗜盐微生物高效编辑技术开发”（2019-2024）

　　19. 国家重点研发计划项目子课题“重要化学品生物元件的设计组装”（2019-2024）

　　20. 国家重点研发计划项目子课题“油藏微生物功能模块与互作线路的构建”（2019-2024）