[1]  国家自然科学基金重大项目子课题，32393974，古菌—真核生物细胞膜结构与能量生成的演化，2024.01-2028.12，主持

[2]  国家自然科学基金面上项目，32270054，aCPSF1介导古菌转录终止的分子机制和新调控功能，2023.01-2026.12，主持

[3]  国家重点研发计划项目子课题，2020YFA090681，“极端微生物合成生物学元件的挖掘与鉴定” ，2020.04-2025.03，主持

[4]  国家重点研发计划项目子课题，2019YFA0905501，“活性污泥人工多细胞体系构建与应用” ，2020.01-2024.12，主持

[5]  国家自然科学基金面上项目，31670049，古菌RNA加工流转关键酶生理生化功能及分子机制，2017.01-2020.12，主持

[6]  中科院先导项目B子任务，新型基因编辑系统机制研究，2024.05-2028.04，主持

[7]  国家重点实验室重任基金，厌氧菌基因编辑及合成生物学元件挖掘，2023.01-2027.12，主持

[8]  技术开发合作项目，“协助植物抗冻耐寒生物肥料研发项目”，2022.01-2026.12，主持

[9]  国家自然科学基金青年科学基金项目，31100035，竹节状甲烷鬃菌群感效应调控机制，2012.01-2014.12，主持

[10]  国家自然科学基金重大项目课题，32393972，古菌基本生物学过程的真核生物特征演化，2024.01-2028.12，骨干

[11]  国家自然科学基金重大研究计划集成项目，水圈碳氮硫元素循环的功能微生物及其代谢途径和机制，92251302，2023.01-2024.12，骨干

[12]  国家自然科学基金重大研究计划重点支持项目，91751203，青藏高原湿地低温甲烷代谢途径及其功能产甲烷菌的温度适应机制，2018.01-2022.12，骨干

[13]  国家自然科学基金重点项目，31430001，低温甲烷古菌对冷胁迫的转录后响应机制，2015.01-2019.12，骨干