1）新型微生物酶制剂基因筛选及应用，

利用未培养元基因组以及单细胞未培养微生物技术，通过高通量酶分子筛选技术收集各种特殊环境（包括热泉、盐湖、大洋、冰川等）极端微生物酶新基因资源，通过基因高效表达工程菌构建，开拓酶制剂在工业、农业、环保、健康、能源等领域的应用价值；

2）酶分子定向进化

采用分子定向进化等技术对酶制剂进行分子改造，探索酶分子结构与功能相互关系，获得更高效率、更好稳定性和使用性的新型酶分子。

3）丝状真菌高效表达系统研究

探索木霉、黑曲等丝状真菌高效分泌表达系统调控机制，研发新型丝状真菌高效微生物分泌表达系统，构建酶制剂高效表达基因工程菌。