1.   国家自然科学基金委重点项目 “低温甲烷古菌对冷胁迫的转录后响应机制” 2015-2019。主持人 东秀珠。

2.   国家自然科学基金委重大研究计划“水圈微生物驱动地球元素循环的机制”重点支持项目“青藏高原湿地低温甲烷代谢途径及其功能产甲烷菌的温度适应机制” 2018-2021。主持人 东秀珠。

3.   国家重点研发计划“深海冷泉生物多样性、环境适应性与应用潜力评估”课题一“深海冷泉环境微生物多样性、环境适应机制与应用潜力评估” 2018-2021。主持人 东秀珠。

4.   国家自然科学基金委面上项目“水稻田二甲基砷脱甲基的甲烷古菌及其代谢途径研究”2021-2024。主持人 东秀珠。

5.   国家自然科学基金面上项目 “古菌RNA加工流转关键酶生理生化功能及分子机制”， 2017-2020。主持人 李洁。

6.   国家重点研发计划“合成生物学”专项“极端微生物底盘细胞的设计与构建”2020-2025。参加人 李洁。

7.   国家自然科学基金面上项目“肺炎链球菌水通道蛋白的生理功能及其介导毒力的分子机制” 2020-2023。主持人佟卉春。

8.   国家自然科学基金青年基金“甲烷古菌核糖体RNA加工成熟机制”。2020-2022。主持人 祁磊。

9.   国家自然科学基金青年基金“嗜冷古菌R15“进化”为中温菌的糖蛋白组学研究”2018-2020。主持人李凌燕。