本着国家重点实验室开放交流、引领发展的宗旨，本室在开放课题的设置和执行中以促进交叉、协作共赢为出发点。2011-2015年期间，按照《微生物资源前期开发国家重点实验室开放课题申请和管理条例》，经本室学术委员会批准，本室共设立开放课题26项，分别由22个单位承担，累计经费达354万元。开放课题发表论文49篇，其中SCI论文33篇，发表在Lab chip, Appl Environ Microbiol, Genome Biol Evol等知名期刊上。

通过资助云南省3名科研人员开展微生物系统学与资源研究，发现在氨基酸组成变化方面，原核生物的低温适应并非其高温适应的对立过程（Genome Biol Evol, 2015）；发现了细菌中古老的莽草酸途径进化路径（Mol Phylogenet Evol，2014)，并发现冰川裂解性低温噬菌体特征（微生物学报，2012）。

以我室研究人员为主体，并通过开放课题资助微生物所工业室研究团队联合开展“微生物青贮复合菌剂的研发及应用”工作。利用本室提供给微生物资源库的乳酸菌、并从西部五省的草料分离、筛选出适用的青贮饲料用菌剂5种，与草业公司合成完成2万多吨草的青贮，实现产值1864万元；在青海、西藏、内蒙、宁夏、河北等地开展饲喂示范：49510头羊，增重2.13 kg/只；5500头牛，增重4.15 kg/只。该成果将促进西部地区支柱产业的发展，已通过青海省科技厅成果鉴定。

通过开放课题资助当时在人民大学理化学院工作的杜文斌教授开展“微流控液滴技术在极端环境微生物的单细胞培养与优化筛选中的应用”研究，与本室从事环境微生物及海洋微生物的几个研究组形成交叉合作，促进了本室微生物单细胞基因组的研究工作；之后通过开放课题资助北京大学物理系的叶安培教授“用于海洋微生物分选的激光诱导表面增强Raman光谱技术探索”，不仅促进了本室单细胞技术平台的建设，也推动了微生物与光学的交叉学科发展。