微生物组学（microbiomics）是继基因组学以后，生命科学与生物技术研究领域的重大突破之一，在医疗健康、农业、生态环境和工业制造方面具有广阔的应用前景。平台起源于2016年成立的微生物组学与生物工程技术平台，为研究所的特色支撑平台，是为配合中国微生物组计划及推动国家微生物组技术创新中心而设立的。该平台是在原来化学生物学平台、微生物系统生物学技术平台等基础上进行仪器和人员重组、筹措等方式建立，经研究所总体规划和布局的前沿技术支撑平台。
仪器设备：设备包括基因测序仪（Genome AnalyzerIIx）、曙光高性能计算集群、实时荧光定量PCR仪（ABI7300）、蛋白纯化系统（NGC discover10、AKTA avant25）、发酵罐（BioFlo（BF）等5台）、低速大容量冷冻离心机（RC3BP+）、高压均质机（EF-D20A）、XPN-100智能型超速离心机及多联罐发酵优化系统等。
技术队伍：平台处于建设初期，现有技术人员3名，其中博士1人，高级职称2人，平台人员具体情况如下表：
微生物组学平台
技术平台