中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室成立于 2008 年 12 月，其前身为 1958 年成立的中国科学院微生物研究所病毒学研究室。重点实验室牢记中科院新时期“三个面向”与“四个率先”的办院方针，以国家发展的战略需求来布局科研，坚持以问题为导向，以创新为驱动，开展基础性、战略性、前瞻性的科技创新工作。

　　重点实验室面向国家战略需求，主要聚焦新发突发传染病病原跨种传播、宿主与病原之间的分子互作及细胞免疫机制，充分发挥中国科学院微生物研究所的优势开展基因组学、免疫机理以及药物研发等科学问题的研究，为我国重大传染病的防治提供科技支撑，并推动成果的转移转化及相关技术产业的快速发展。

　　目前重点实验室共由 24 个研究组组成，院士 1 名、研究员 22 名，副高级职称 19 名，固定人员共 8 名，其中包括国家杰出青年基金获得者 3 名，国家优秀青年基金 8名。