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国家微生物科学数据中心发布流感病毒变异风险评估数据库系统

作者: 发布时间:2023.10.31 文章来源:

   中国科学院微生物研究所国家微生物科学数据中心日前发布流感病毒变异风险评估系统 Influenza virus variation risk evaluation system),简称VarEPS-Influ数据库。该数据库是全球首个对流感病毒基因组已知变异及虚拟变异进行多维度风险评估的系统,集时空追踪、谱系分析、变异鉴定、风险评估于一体,对流感病毒基因组变异进行一站式分析。

  该系统引入多维度评估策略,通过集成多种工具和方法,对变异带来的理化性质、一二三级结构、受体亲和力、抗体结合能力、抗原表位等多方面的影响进行全面评估,结合时空分布、宿主物种分布、谱系分析和突变频率分析,提供对流感基因组变异的全面风险评估,从而为流感病毒的预防和控制提供重要的信息和策略,并为实验团队的机制研究提供有价值的信息。此外,系统对病毒进行数字化评估可以帮助用户探究谱系的总体规律,并用于构建向量矩阵,开发人工智能模型,该策略已成功应用于数据中心自己开发的SARS-CoV-2 Variations Evaluation and Prewarning System (VarEPS)的构建。这将有力扩展我们对流感病毒的理解和预测能力,为未来的流感病毒研究和公共卫生实践提供新的工具和视角。

  VarEPS-Influ数据库通过国家微生物科学数据中心NMDC对全球用户公开免费开放,可在https://nmdc.cn/influvar/上自由访问。上述研究成果已于近日在Nucleic Acids Research上在线发表,中科院微生物所微生物资源与大数据中心舒畅助理研究员、孙清岚高级工程师为该论文的并列第一作者。中科院微生物所微生物资源前期开发国家重点实验室胡松年研究员、国家微生物科学数据中心吴林寰正高级工程师为该论文的共同通讯作者。

  论文链接:https://doi.org/10.1093/nar/gkad912