2018年1月12日，由微生物所蔡磊研究员牵头申报的科技部对发展中国家科技援助项目-“中泰微生物技术联合实验室”获得批准，该项目将在未来的三年内初步建成中泰微生物技术联合实验室，促进中泰双方合作研究和资源共享。并通过人员培训、技术培训、设备援助、交流互访、合作研究和实施杰出青年科学家培养计划等多种手段提升泰方研究机构的微生物资源研究和开发能力，促进中泰两国的微生物技术发展，并建立微生物数据的深度挖掘和广泛利用平台，实现辐射东南亚的区域性微生物技术研究网络。
该联合实验室也是响应中国国家主席习近平在“一带一路”国际合作高峰论坛开幕式上提到的启动“一带一路”科技创新计划，开展科技人文交流，共建联合实验室等行动，中国将在未来五年投入运行50家联合实验室。
从2015年至2017年，微生物所与泰国的泰国国家遗传工程与生物技术研究中心和泰国科技研究所开展了初步的合作，2017年9月在北京召开了首届中泰微生物技术联合实验室研讨会。2017年12月，微生物研究所所长刘双江与泰国国家遗传工程与生物技术中心和泰国科技研究所在泰国曼谷共同签署了三方合作谅解备忘录，共建中泰微生物技术联合实验室。
