近期，微生物作为依托单位主持的“病原体宿主适应与免疫干预”先导专项（以下简称“病原先导专项”），在2022年科技专项绩效评价中获评“优秀”。
病原先导专项自2018年起实施。新冠爆发伊始，该专项快速形成集团作战模式，由专项首席科学家高福院士总负责，成立“突发传染病一体化应对小组”，以最快速度全面启动新发突发传染病疫苗和抗体一体化应对体系，产出了全球首个获批紧急使用的新冠重组蛋白疫苗、首个开展临床试验的新冠抗体药物等关键科技支撑产品。专项实施推动了我国重大感染性疾病及感染相关癌症治疗的方法与技术创新，提升了中科院在病原微生物与宿主免疫领域研究的国际影响力。累计发表SCI论文558篇，总被引频次21169次，在Science、Nature、Cell 主刊发表论文24篇，授权专利102项。
中国科学院作为最早开展绩效评价工作的中央部门之一，自2004年开始，选择部分财政支出项目开展预算绩效评价工作，选择评价项目主要遵循以下原则：一是反映中国科学院部门职能的重点项目；二是具有典型性和代表性，关系国计民生和公众关注度较高的项目；三是能够体现院管理思路和整体科研实力的重大专项。继2021年圆满完成中期检查后，病原先导专项再创佳绩，这是研究所严格科技项目管理、狠抓工作落实的结果，将激励全所进一步增强绩效意识，不断提高科技财政资金使用绩效和科学化精细化管理水平。
