2021年12月2日，科技部办公厅、财政部办公厅联合发布《关于发布2021年中央级高校和科研院所等单位重大科研基础设施和大型科研仪器开放共享评价考核结果的通知》（国科办基〔2021〕136号），中国科学院微生物研究所在本次评价考核中获得优秀，榜单排名第32位。
本次考核依托重大科研基础设施与大型科研仪器国家网络管理平台进行，以客观数据为基础，强调仪器设备运行使用效率。共有中央级高校和科研院所系统25个部门346家单位参评，涉及原值50万元以上科研仪器共计4.2万台（套）。
研究所高度重视仪器设备开放共享工作，全面贯彻《国务院关于国家重大科研基础设施和大型科研仪器向社会开放的意见》精神，持续提升管理和共享应用水平，为国家重大科研任务和战略需求提供了强有力的技术支撑保障。今后，研究所将进一步加强科研设施与仪器建设和购置的统筹规划，提升科研仪器运行开放效率、服务效益和专业化技术队伍的业务能力。
