2020年3月11日，中国科学院微生物研究所在E301会议室举行“云签约”活动，宣告微生物所与济南市人民政府、山东省科学技术厅三方共建的“齐鲁现代微生物技术研究院”正式成立。微生物所副所长钱韦（法人代表）与济南市市长孙述涛，山东省科技厅厅长唐波共同签约。
中国科学院党组成员、秘书长邓麦村，中央国家机关人防办主任赵绪选，中科院科技促进与发展局副局长赵千钧、北京分院常务副院长吴建国，微生物所党委书记、副所长李俊雄及所领导班子出席并见证了签约活动。
为深入贯彻习近平总书记黄河流域生态保护和高质量发展战略部署，积极响应党中央、国务院生物安全战略布局，建设美丽中国，落实《山东省人民政府-中国科学院推进山东新旧动能转换重大工程合作协议》要求，中国科学院微生物研究所、济南市人民政府、山东省科学技术厅经过周密沟通和部署，建立全面战略合作伙伴关系，共同建设“中国科学院微生物研究所齐鲁现代微生物技术研究院”，在黄河生态带龙头城市打造面向国家重大战略和国民经济主战场的产学研用一体化微生物高科技研发集群，开展医学、农业、资源与大数据等微生物技术的转移转化工作。
签约活动上，济南市市长孙述涛首先致辞。他代表济南市委市政府对中国科学院微生物研究所在抗击疫情紧张科研攻关的时刻，为推动本次合作所做出的的巨大努力表示感谢。他强调，本次与中科院微生物所的合作是山东省、济南市和中科院合作的重要组成部分。“齐鲁现代微生物技术研究院”必将给济南市带来一流的科研力量和创新资源，进一步促进产学研一体化，助推济南市在大健康和现代农业等领域，通过科技创新赋能产业高质量发展，加快实现新旧动能转换。济南市政府将为合作项目落地建设提供细致、周到、全方位服务。希望未来齐心协力攻坚克难，共同为经济社会发展做出我们应有的贡献。
中国科学院党组成员、秘书长邓麦村对本次合作签约表示祝贺。他指出，中科院非常重视与山东省的合作，面向山东省经济社会发展的科技需求，取得了卓有成效的进展，为加速推进山东省新旧动能转换和创新型省份建设提供了坚实的科技支撑和创新保障。中国科学院微生物研究所紧跟科学院的战略部署，积极谋划，发挥微生物所在生物技术领域中的强大创新能力，抢占现代微生物产业技术竞争制高点，引领带动新型大健康产业发展和现代化农业集成技术体系构建，加速科技成果向现实生产力转化。他希望齐鲁现代微生物技术研究院按照“聚平台、聚人才、聚成果”要求，力争成为国际一流微生物科技创新中心，为落实习近平总书记关于黄河流域生态保护和高质量发展的战略部署和服务生物安全战略布局做出积极贡献。邓麦村感谢山东省长期以来给予中科院各项事业的大力支持。中科院将加强统筹规划，集聚优势科技资源，与山东省携手共进、开拓创新，共同推动院省合作向高层次、深领域不断发展。
微生物所钱韦副所长在发言中指出，在全国抗击疫情最吃劲的时候，“齐鲁现代微生物技术研究院”以疫情防控为契机，是中科院与山东省共同推动国家生物安全重大战略落地的先行示范行动，在本次合作中，我们深切感受到了山东省的魄力和济南市的速度，希望三方能够抓住此次契机，把微生物所在现代微生物技术领域中取得的产业成果迅速落地。微生物所将发挥科技国家队的优势，为把济南早日建成“大强美富通”的国际化大都市，也为山东省的社会经济建设做出应有的贡献。
微生物所副所长钱韦代表微生物所与济南市市长孙述涛，山东省科技厅厅长唐波共同签署了《济南市人民政府-山东省科学技术厅-中国科学院微生物研究所关于共建中国科学院微生物研究所齐鲁现代微生物技术研究院战略合作的框架协议》。
随后，微生物所与济南国际医学科学中心管委会、槐荫区人民政府、济南城市投资集团有限公司共同签署了《关于共建中国科学院微生物研究所齐鲁现代微生物技术研究院合作协议》，与商河县人民政府共同签署了《关于共建中国科学院微生物研究所齐鲁现代微生物农业技术中心战略合作的框架协议》。
以“微生物、高科技、大产业”为发展使命的微生物所是我国先进微生物技术源头创新的主体。经过60多年的积累和全体人员的努力，研究所已经呈现出创新知识、人才和技术显著溢出的发展态势，急需扩展知识创新和知识价值的波及面。另一方面，山东省也正处于产业新旧动能转换的关键时期，亟待孵化和应用高新产业技术。通过本次合作，“中国科学院微生物研究所齐鲁现代微生物技术研究院”的建设将为全力猛攻“巴斯德象限”，拓展研究所重点区域高科技研发平台和地方创新技术产业跨越发展等重大问题提供双赢式的解决方案。微生物所将向该研究院注入微生物资源和大数据技术、病原微生物与免疫和农业微生物生物技术，依托山东省和济南市提供的优惠科研条件和人才政策，全面开展产业技术研发和转移转化工作，力争将微生物技术成果写在齐鲁大地上，同时，为研究所新兴产业人才的培养提供能力展示的舞台。
齐鲁现代微生物技术研究院是新型研发机构，不纳入机构编制核定范围，无固定编制，不设行政级别，以现代微生物产业技术为依托，下设5个研究中心，分别是国家微生物资源中心（山东分中心）、国家微生物科学数据中心（山东分中心）、临床转化医学中心、基因组编辑中心、现代微生物农业研发与示范山东基地。研究院还将根据国家需求，建立1个技术孵化运营平台公司。
合作三方本着“政府主导、合作共赢、协同创新、绿色发展”的原则，充分发挥三方优势，共同致力于提升微生物现代技术的强大创新能力，培养打造一支具有国际视野的生物技术领域产业领军队伍，催生一批引领新型微生物产业发展的核心关键技术，建成兼具人才、团队、技术、运营集成优势的微生物创新技术产业高地，引领带动新型、绿色、高效的大健康产业发展和现代化农业集成技术体系构建，推动山东省新旧动能转换，带动重大创新成果在山东落地转化。
该研究院共设 2 个园区——济南市西区医学科学中心园区和济南市商河县园区，2个园区科研建设用地近200亩。另有1700亩农业流转用地，全部用于中国科学院农业微生物技术工程实验室示范基地建设。研究院一期计划投资 15 亿元，预计2021年内建成并投入全面运行。
研究院建成后的工作重点将集中在两个领域：一是基于微生物资源和大数据，致力于研发针对各类传染性疾病的新型治疗药物和手段，发展慢病防治的微生物组技术，为建设健康中国提供核心科技支撑；二是着力研发具有高效、绿色、循环和精准特点的微生物农业新方法并进行集成示范，在减肥减药的基础上实现农业提质增效，为保护黄河流域农业生态环境，建设美丽乡村提供系统化的解决方案。
