2019年6月5日，科技部、财政部联合发布了国家科技资源共享服务平台优化调整的名单，国家微生物科学数据中心位列其中，成为20个国家级科学数据中心之一。
国家微生物科学数据中心依托中科院微生物研究所，与中科院海洋所、中国疾控中心传染病所、中科院植物生理生态所等单位共建。中心数据资源总量超过300TB，数据记录数超过40亿条,数据内容完整覆盖微生物资源、微生物及交叉技术方法、研究过程及工程、微生物组学、微生物技术以及微生物文献、专利、专家、成果等微生物研究的全生命周期。中心在微生物领域超过30年的数据汇交工作，数据来源覆盖国内中国科学院、其他科研院所、高校、企业等百余家单位。该数据平台还接收了全球46个国家120个单位的数据汇交和全球共享，是全球微生物领域最重要的数据中心。中心建立了完善的数据质量控制体系和多级数据质量标引体系，牵头申请并正在开发微生物数据领域第一个国际ISO标准，并在此基础上，开发了自有知识产权的数据管理平台，目前已经在国内外上百家单位使用。
目前数据中心利用积累的全球微生物数据，与国际生物多样性公约（CBD）信息交换所合作，正式向CBD提出了全球微生物领域微生物资源转移信息平台建设方案，为全球各国履行生物多样性公约和名古屋议定书提供了重要支持。数据中心支持我国流感病毒跨种间传播机制研究，目前已经在《Science》、《Nature》等国际一流期刊上发表多篇论文。中心建立的真菌DNA条形码数据库在宁波等多个口岸应用，有效支持了有害物种的快速鉴定，保护了国门生物安全。中心的建设成果多次在国际一流数据期刊《核酸研究》（影响因子11.7）数据库专刊上发表。数据中心每年发布我国微生物资源应用状况发展报告，受到了社会广泛关注，并被新闻联播等媒体报道。
微生物科学数据是开展科学研究和技术创新活动的重要保障，也是提升科技公共服务水平的有力抓手。按照国家公益性平台的定位，国家微生物科学数据中心的数据资源全部免费共享，统一规范微生物数据的生产、存储、处理等过程。
国家微生物科学数据中心将按照科技部、财政部的要求，进一步加强对平台的管理，推进微生物领域科技资源向国家平台汇聚与整合，加强微生物资源开发应用与分析挖掘，提升微生物资源有效利用和科技创新支撑能力，为科学研究、技术进步和社会发展提供高质量的科技资源共享服务。
