肺炎链球菌可导致肺炎、脑膜炎等多种疾病，多重耐药肺炎链球菌的流行增大了其感染的治疗难度，了解多重耐药菌的形成和发展规律对于耐药的控制至关重要。目前我国缺少大规模的肺炎链球菌分子流行病学及全基因组数据分析，对于多耐药克隆在我国形成和演化规律的研究仍不充分。
研究团队对时间跨度14年的1312株肺炎链球菌进行了基因组测序及耐药表型分析，与来自全球肺炎链球菌基因组测序计划（GPS）的数据相结合，进行系统基因组学分析。结果显示，当前在CC271克隆群中主导的两个克隆（19F ST271-B和19A ST320），均是从同一个低耐药的祖先克隆（19F ST271-A）中分别独立演化而来。其中第一优势耐药克隆为19F ST271-B，它对β-内酰胺高水平耐药，且对头孢菌素类药物具有尤为高的耐药性。贝叶斯分析显示19F ST271-B在1995年至2000年间迅速扩散，这可能与1990年代头孢菌素在中国的广泛使用相关；CC271中占比第二的19A ST320耐药克隆是疫苗逃逸株，贝叶斯分析显示19A ST320于2001年在中国开始迅速扩散，与2000年美国推出PCV7疫苗的时间点较为吻合，展现了疫苗接种对全球耐药克隆流行的影响。该研究结果对于理解肺炎链球菌耐多药克隆的形成机制及开发有效的防控策略具有重要意义。
微生物研究所冯婕研究员和北京大学第一医院临床药理研究所李耘研究员为共同通讯作者，冯婕团队硕士生曾元、助理研究员宋宇琴及李耘团队助理研究员崔兰卿为本文共同第一作者。该研究工作得到了科技部重点研发计划以及中科院国际伙伴计划“全球共性挑战”专项等项目支持。
图1 中国CC271克隆群的贝叶斯系统发育分析及主要群体演化历史示意图
文章链接：https://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-023-01200-8
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