细菌最主要的繁殖方式是二分裂，就是在细菌细胞生长到一定阶段时，一分为二，由一个细胞变成两个子细胞。细菌二分裂时，细胞中的遗传物质，即DNA先进行复制，然后在细胞的中央形成横隔壁，最后子细胞分裂，每个子细胞都具有一个DNA分子。
在少数细菌中，还存在着其它的繁殖方式，如不等二分裂、出芽繁殖、三分裂和多分裂等。不等二分裂是二分裂的变体形式，柄细菌的繁殖就是一个典型的例子。柄细菌的形态很有趣，它仅在一端生出一根鞭毛（细菌的运动“器官”）。繁殖前，在生鞭毛的一端长出一个柄，此时，鞭毛就消失了，之后，细胞伸长， 在细胞的另一端长出一根鞭毛。细胞分裂后，形成形态不同的两个子细胞，一个有柄但无鞭毛，另一个只有鞭毛却无柄。有鞭毛的细胞生长到一定阶段，又开始上述的不等二分裂繁殖过程。
细菌在人工配制的固体培养基上生长、繁殖时，大量细胞以其母细胞为中心，聚集在一起形成一个肉眼可见的、具有一定形态结构的子细胞群，称之为菌落，许多菌落连成一片时，则称之为菌苔。菌落可作为菌种鉴定和判断纯度的重要依据。
