微生物是一切肉眼看不见或看不清楚的微小生物的总称。它们是一些个体微小、构造简单的低等生物。它的特征可以归纳为三十个字：即体积小、面积大、吸收多、转化快、生长旺、繁殖快、适应强、变异频、分布广、种类多。微生物大多为单细胞，少数为多细胞，还包括一些没有细胞结构的生物。主要有古菌；属于原核生物类的细菌、放线菌、蓝细菌、支原体、立克次氏体；属于真核生物类的真菌、原生动物和显微藻类。以上这些微生物在光学显微镜下可见。蘑菇和银耳等食、药用菌是个例外，尽管可用厘米表示它们的大小，但其本质是真菌，我们称它们为大型真菌。而属于非细胞生物类的病毒、类病毒和朊病毒（又称朊粒）等则需借助电子显微镜才能看到。
微生物是生物中一群重要的分解代谢类群，缺少了它们，生物圈的物质能量循环将中断，地球上的生命将难以繁衍生息。微生物是地球上最为丰富多样的生物资源，其的种类仅次于昆虫，是生命世界里的第二大类群。微生物与人类生活密切不可分。病原微生物是导致人类诸多疾病的罪魁祸首。致病微生物引起的疾病，即传染病种类繁多，如2003年爆发的SARS和近两年的禽流感，以及每年成倍增长的艾滋病病例。尽可能地减小病原微生物所带来的危害已经成为微生物研究工作者的首要任务。
