面向国家战略需求和国际前沿，开展重要病原微生物基因组学与分子进化、动物源性病原跨种间传播、病原-宿主相互作用的分子机制等前瞻性基础研究。

面向国民经济主战场，开展病原微生物与免疫相关疾病的免疫干预的新理论、新策略研究，坚持源头创新，解决病原微生物防控领域“卡脖子”技术问题，包括疫苗、抗体及小分子药物的研发。

特色：重大传染性病原与宿主互作和免疫干预。